Le Ministère de l’Enseignement Primaire et Secondaire a pour missions principales de :

- Concevoir, planifier et exécuter une politique nationale cohérente en matière d’enseignement formel dans les domaines de l’enseignement primaire et secondaire, en collaboration avec le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique ;

- Introduire, en collaboration avec d’autres ministères concernés, un système éducatif capable d’induire un développement économique endogène ;

- Promouvoir le développement de l’enseignement primaire et secondaire ;

- Veiller à l’amélioration constante de la qualité de l’enseignement primaire et secondaire ;

- Concevoir une politique visant l’achèvement de l’enseignement primaire pour tous les enfants en âge de scolarisation et en assurer sa mise en pratique ;

- Assurer aux écoliers et aux élèves une formation civique, morale et intellectuelle propre à favoriser une conscience aiguë des réalités et de la culture burundaise ;

- Préparer, en collaboration avec d’autres ministères et services concernés, les personnes en formation en vue d’œuvre pour le développement socio-économique du pays et pour le respect des droits et libertés de la personne humaine ;

- Participer à l’éducation à la paix, à la démocratie et aux respects des droits et libertés de la personne humaine dans le milieu scolaire ;

- Favoriser le développement d’un enseignement privé au niveau primaire et secondaire ;

- Participer dans la planification et l’organisation, avec les ministères concernés, d’un service civique dans le domaine de l’éducation ;

- Participer dans la conception de la politique nationale en matière de formation et du perfectionnement professionnel dans les domaines et de ses compétences et en assurer l’exécution ;

- Participer à la conception, en collaboration avec les ministères et les services concernés, d’une politique sectorielle de l’éducation et de la recherche scientifique en adéquation avec les politiques de développement et de l’emploi au Burundi ;

- Elaborer et assurer le suivi des projets d’investissement du ministère.