Des enseignements et des formations sont assurés également dans des établissements rattachés à d’autres ministères que les trois regroupés dans le secteur Education tel qu’il est défini dans le PSDEF.

Sous la tutelle du ministère en charge de la Santé, plusieurs établissements publics et privés dispensent deux types d’enseignements conduisant à des carrières paramédicales, d’une part et à des carrières de techniciens (principalement de laboratoire mais aussi dans l’assainissement et l’hygiène), d’autre part.

Le ministère de la Défense Nationale forme ses cadres.
Le ministère de la Solidarité Nationale assure une tutelle sur les établissements d’enseignement spécial destiné aux enfants handicapés et qui sont généralement tenus par des associations religieuses et des ONG. Actuellement, un seul établissement primaire peut être classé dans l’enseignement formel car il prépare au concours national d’entrée dans le secondaire (école primaire St Kizito). Les autres établissements relèvent de l’enseignement « non formel ».